生物有機肥生產的技術含量相對較高，除了在腐熟過程中要加入促進有機物料腐熟、分解的生物菌劑，以實現定向腐熟、除臭等目的外，在產品中還需要加入具有特定功能的微生物，以提升產品的作用效果。
生物有機肥與其他肥料的對比
1.生物有機肥與化肥相比：
1）生物有機肥營養元素齊；化肥營養元素只有一種或幾種。
2）生物有機肥能夠改良土壤；化肥經常使用會造成土壤板結。
3）生物有機肥能提高產品品質；化肥施用過多導致產品品質低劣。
4）生物有機肥能改作物根際微生物群，提高植物的抗病蟲能力；化肥則是作物微生物群體單一，易發生病蟲害。
5）生物有機肥能促進化肥的利用，提高化肥利用率；化肥單獨使用易造成養分的固定和流失。
2.生物有機肥與精制有機肥相比：
精制有機肥是畜禽糞便經過烘干、粉碎后包裝出售的商品有機肥。
1）生物有機肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效應，減少病害發生；精制有機肥由于高溫烘干，不含有益菌。
2）生物有機肥不但含有豐富的有機質而且還有功能菌及部分大量元素，；精制有機肥不含菌
3.生物有機肥與農家肥的區別：
1）生物有機肥腐熟，蟲卵死亡率達到95%以上；農家肥堆放簡單，蟲卵死亡率低。
2）生物有機肥無臭；農家肥有惡臭。
3）生物有機肥施用方便，均勻；農家肥施用不方便，肥料施用不均勻。
4.生物有機肥與生物菌劑的區別：
1）生物有機肥價格便宜，每噸在1000多元左右；生物菌肥價格昂貴，價格高達上萬元。
2）生物有機肥含有功能菌和有機質，能改良土壤促進被土壤固定養分的釋放；生物菌肥只含有功能菌，通過功能菌來促進土壤固定肥料的利用。
3）生物有機肥的有機質本身就是功能菌生活的環境，施入土壤后有利用菌種的存活；尤其是有機質含量低的土壤。而生物菌劑不含有機質。
由于生物有機肥相比普通有機肥生產成本較高，主要應用在蔬菜、水果、中草藥等高附加值的經濟作物上，并取得了較好的效果。
